קיבוע חנקן הצמדת חנקן חפשי מהאוויר לקרקע ע"י הפיכתו לתרכובות מינרליות (חנקה או אמוניה) בעזרת מיקרואורגניזמים. קיבוע החנקן מבוצע ע"י קבוצת חיידקים אארוביים - Bacterium radicicola, ביניהם: Rhizobium ו- Azotobacter, החיים בשיתוף עם שורשי צמחי משפחת הקטניות. כמוכן נעשה קיבוע חנקן ע"י מיקרואורגניזמים (חיידקים, אצות כחוליות) החיים בקרקע וניזונים מחומרי רקב. מושגים לעיון נוסף: אירובי חיידקים קושרי חנקן מחזור החנקן